Cela ce passe environ 5 ans après Zelda Twilight Princess, la princesse de l'ombre envoi une armée pour détruire les races inférieur, tels que les mojos. Une fois les mojos tués, la princesse Zelda envoie elle aussi une armée pour détruire le peuple de l'ombre, seul hic, comment fairep our aller dans le royaume de l'ombre sans le miroir, il décide donc de téleporter le royaume de l'ombre dans le royaume de la lumière, elle lance une amrée sur le royaume, détruisant des centaines de personnes.Peu après ce drame, les deux royaumes préparent leur plan d'attaque pour se détruire, Link s'interpose entre les deux princesse, la paix fût rétabli grâce au héros du temps.Mais Xanto refait surface après de nombreuses années de silence, et se forme une armée pour détruire la la princesse de l'ombre.Une guerre éclatera, de quelle côté vous mettrez vous?